Ich schliesse mich da voll und ganz @yakedy an.
Zu Tokio musst du einfach wissen, dass es kein Stadtzentrum in dem Sinne gibt. Man entscheidet sich bzw. pendelt also immer in ein Stadtviertel um dort die örtlichen „Sehenswürdigkeiten“ zu sehen. Ein Stadtviertel in der Mega-Metropole Tokio, entspricht eigentlich schon einer Stadt und in einer Stadt.
Daher hätte ich Dir bei 48h eigentlich eher Hong Kong empfohlen, aber Du hattest Dich ja schon für Tokio entschieden. Aber zum Reinschuppern und dann wieder kommen ist es natürlich trotzdem absolut zu empfehlen
Wie so oft sind die touristische Sachen halt auch die sehenswerten. Asakusa-Schrein würde ich auf jeden Fall einplanen. Es sind viele Japaner(innen) in (geliehener) traditioneller Kleidung vor Ort, um Fotos zu machen. Sieht schön aus und bietet auch schöne Fotomotive.
Auf dem direkten Weg zum Schrein, gibt es auch diverse Stände aneinandergereiht, in denen man schöne Mitbringsel oder Souvenirs kaufen kann, z.B. Fächer mit japanischen Motiven, Chopsticks u.ä.
Bzgl. Hotel hier eine Empfehlung, weil sehr Verkehrsgünstig an der Shinjuku-Station gelegen und toller Ausblick aus dem Zimmer, bei dem das Tokio-Feeling auch im Hotel bestehen bleibt:
Ansonsten als Tipp.
ÖV ist Topp, wird aber von verschiedenen Betreibern betrieben, was dann dazu führt, dass in der selben Station verschiedene Tickets benötigt werden. Aktiviere daher auf Deiner Wallet entweder die PASMO, oder SUICA Karte und lade diese via Kreditkarte mit jeweils einen kleinen Betrag auf. Du kannst dann einfach durch auflegen des iPhones durch die Gates, ohne auf den Betreiber achten zu müssen. Der Betrag wird dann von der PASMO/Suica abgebucht. Gibt es natürlich auch als physische Karte in jedem 7eleven, was dann aber noch eine zusätzliche Gebühr für die Karte bedarf.
Nutze für den ÖV MAPS, oder googleMaps, dann ist alles easy. Die Apps sagen dir sogar welchen Wagen und welchen Ausgang (Nummer) du nutzen solltest. Beim Ausgang würde ich mich auch immer nach der Empfehlung richten.