An sich sollte das gehen. Wurde u.a. hier schon mal diskutiert:
Ein schwierigerer Fall wäre es, das Gepäck auf FRA-JNB zu checken, ehe du BRU-FRA abgeflogen hast. Das käme laut Erfahrungen in obigem Thread auf den Mitarbeiter an.
Bei deinem Fall erwarte ich aber keine Probleme.