Sehr merkwürdig. Verwandt mit diesem Thema: ich hatte neulich auch im Light Tarif bezahlte Standardplätze auf ZRH-AGP.
Aufgrund der Buchungssituation waren diese irgendwo hinter Reihe 20.
dann wurde vorne in 14 doch noch was frei und ich wollte die Plätze einfach wechseln. Ich dachte, das wird ja wohl gehen, innerhalb der bezahlten Kategorie. Da wurde mir aber bis zum Schluss auch immer angezeigt, dass es was kostet (nochmal den regulären Preis), mir war‘s wichtig und ich hab’s trotzdem gemacht. Daraufhin wurden die zusätzlichen EUR 20 für zwei Personen (zu dem Zeitpunkt sollte der Standard Platz nur noch EUR 10 p.P. kosten) in der Banking Funktion der MM App ein paar Tage als „pending“ angezeigt und sind dann wieder komplett verschwunden.
Die Plätze wurden also nicht doppelt berechnet.
Aber komische Geschichten immer rund um die weltbeste IT…
ja sehr komisch, ich werde wohl heute oder morgen noch einmal anrufen um den Passierschein A38 für meine Sitzplätze zu bekommen… 
Noch mal ein kleines Update: nach dreimal anrufen in der Hotline waren die Sitze auch dreimal danach wieder verschwunden. Ich habe sie dann zwei Tage vor dem Einchecken noch mal selbst ausgesucht, der Berechnungsschritt wurde aber komischerweise übersprungen und ich konnte sie kostenfrei neu reservieren. Somit alles gut. Am Flugtag selbst gab es dann nochmal Anpassungen und ich bin noch ein Stück weiter nach vorne gerutscht. Auch alles gut. Dann kam letzte Woche eine Mail von LH dass bedauert wird dass es mit der Sitzplatzreservierung nicht geklappt hat. Und mir wurde die Gebühr für die Reservierung erstattet. Finde ich natürlich auch gut, aber verstehen muss ich es nicht… 
Du bist aber wirklich hart im Nehmen. “Gut” wäre tatsächlich das letzte Wort, was mir in den Sinn käme, um deine Erfahrung in der Sache zu beschreiben…